熱いココロで、夢の舞台へかけあがれ!
本田吾郎(ほんだごろう)、5歳。プロ野球選手の「おとさん」(父)・茂治(しげはる)と二人暮らし。吾郎は、おとさんと野球が大好き。おとさんのような「すごいピッチャーになる」なるのが夢だ。そのためにも、おとさんに言われたトレーニングをコツコツと続けている。
そんな吾郎をやさしく見守っているのは、保育園の桃子(ももこ)先生。野球の相手をしてくれたり、おとさんの遠征中には夕食を作ってくれたりと、吾郎にとっては、死んだ「おかさん」(母)の姿がかさなってみえる、あたたかい人。
おとさん・茂治は、一軍半のプロ野球選手。甲子園で活躍し、期待されてプロに入ったけれど、ケガに泣かされてなかなか実力を発揮できないまま。ようやく腰のケガがなおって、さあ、これからというときに、またヒジをいためてしまい……。
アニメ「メジャー」は、吾郎がおとさんと同じプロ野球選手の道をこころざし、やがて、メジャー・リーグの選手になることを目指すものがたりです。5歳の吾郎とおとさんの親子のふれあい、そんなふたりにとって大切な人になっていく桃子、そして吾郎の最初の野球ともだちになる「トシくん」(佐藤寿也)との友情を描き出します。
そして、9歳・小学四年生になった吾郎は、リトルリーグのチームに入ります。野球人生のはじまりです。ピッチャーとして活躍する吾郎は、チームメイトとの友情をそだて、トシくんをはじめとするライバルたちと試合で対決していきます。