一对不食人间烟火的青年男女——彭少文和程雪珂狼狈地逃到余姚县城门口，他们身后有一群凶神恶煞的武林高手在追赶。
刘捕头盘问彭少文二人，发现他们一问三不知，连朝代年号都不知道。余姚知县陈广云见程雪珂姿色艳丽，起了色心，遭到陈雪珂的拼死反抗，被抓伤了脸。陈广云恼羞成怒，捏造罪名，将彭程二人判为协助倭寇的贼人，着总捕头王勇押解到杭州府受刑。
押解队伍经过陆安杰任职的上虞境内时，遭到日本忍者袭击，王勇带着队伍慌慌张张逃到佛光寺，巧遇在此进香的陆安杰。陆安杰焚香抚琴，唱了一出《空城计》，将日本忍者吓退。
余姚城内，陆安杰、黄强与王勇议论这次劫囚事件，王勇也想不出日本忍者有什么理由袭击自己。陆安杰听说囚犯里面有斯通倭寇的贼人，便想从这条线索上入手，但是明白真相的王勇却百般推诿，不让陆安杰接触彭程二人。
王勇邀请武功高强的黄强护送自己前往杭州府，陆安杰授意黄强不要答应，王勇只得硬着头皮上路。半路上日本忍者又来袭击，王勇大败溃逃，其他囚犯都没事，只有彭少文和程雪珂被掳走。
王勇逃回上虞城，向陆安杰求救，陆安杰却不紧不慢地和他闲扯。不得已，王勇向陆安杰吐露了实情，告诉了他彭程二人被诬陷的事，但是陆安杰仍然没有采取任何行动，王勇急得差点要自行了断。没过多久黄强带着彭程二人回来了，原来他一直在暗中保护着押解队伍，忍者袭击过后，他带人尾随而去，将二人救了回来。黄强俘获了一个忍者，正待逼问，这个忍者却咬舌自尽了，他们的诡异行动仍然是一个不解之谜。
陆安杰将此事快马上报杭州府，提刑按察司吕大人亲自来到上虞县，再召来余姚县令陈广云，三堂会审。没想到老奸巨猾的陈广云安排了许多“人证”，瞒过吕大人的耳目，硬是将彭程二人定为奸人。
就在危急时刻，黄强带来一个侏儒，彭程二人见到这侏儒相抱痛哭。侏儒口不能言，练笔带划加书写说明了原委，原来彭氏家族曾是大户商人，后来隐居海外小岛，前些日子遇到倭寇劫财，多数遇害，只有彭少文、陈雪珂和他逃了出来。
此案一时之间难以定夺，吕大人命陆安杰和陈广云一起前往彭氏隐居的小岛查实证据。
来到小岛后，众人发现这彭少文竟然是元末义军首领彭莹玉的儿子。陈广云大喜过望，坚持要将彭少文交给朝廷，借此将功赎罪。陆安杰则心有不忍，他知道彭少文落到朝廷手里肯定不会有好下场。为此两位县令争执不下，陈广云威胁陆安杰，私藏
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